Lê Đông Phong sinh ngày 15 tháng 10 năm 1960 tại huyện Đức Hòa, tỉnh Long An, gia nhập lực lượng Công an nhân dân từ năm 1978, từng trải qua nhiều chức vụ như Phó Chánh văn phòng (nay là phòng tham mưu), Phó trưởng Phòng cảnh sát điều tra, Trưởng phòng an ninh điều tra, Phó Giám đốc Công an Thành phố Hồ Chí Minh.

Lê Đông Phong tốt nghiệp Thạc sĩ Luật, Cử nhân khoá D10 Học viện An ninh nhân dân, Cử nhân Anh văn, Đại học Kinh tế, Cao cấp lý luận chính trị.